pág. 5213
TÉCNICAS Y MARCADORES DEL ADN
MITOCONDRIAL EN LA IDENTIFICACIÓN
FORENSE DE MUESTRAS HUMANAS
DEGRADADAS
MITOCHONDRIAL DNA TECHNIQUES AND MARKERS FOR
THE FORENSIC IDENTIFICATION OF DEGRADED HUMAN
SAMPLES
Geovanna del Cisne Paladinez Guaicha
Universidad Nacional de Loja, Ecuador
María del Cisne Loján González
⁠ Universidad Nacional de Loja, Ecuador
Gladys Margoth Jumbo Chuquimarca
Universidad Nacional de Loja, Ecuador
pág. 5214
DOI: https://doi.org/10.37811/cl_rcm.v10i4.25504
Técnicas y Marcadores del ADN Mitocondrial en la Identificación Forense
de Muestras Humanas Degradadas
Geovanna del Cisne Paladinez Guaicha
geovanna.paladinez@unl.edu.ec
geocisnepaladinez@gmail.com
https://orcid.org/0009-0004-8461-8461
Universidad Nacional de Loja, Facultad de la
Salud Humana, Carrera de Laboratorio Clínico
Loja, Ecuador
María del Cisne Loján González1
maria.c.lojan@unl.edu.ec
https://orcid.org/0000-0003-3512-6212
Universidad Nacional de Loja, Facultad de la
Salud Humana, Carrera de Laboratorio Clínico
Loja, Ecuador
Gladys Margoth Jumbo Chuquimarca
gladys.jumbo@unl.edu.ec
https://orcid.org/0000-0002-6570-8574
Universidad Nacional de Loja, Facultad de la
Salud Humana, Carrera de Laboratorio Clínico
Loja, Ecuador
RESUMEN
En genética forense, el ADN mitocondrial (ADNmt) resulta clave para identificar muestras humanas
degradadas, gracias al número tan alto de copias que posee por célula, a su forma circular y a su
capacidad para resistir mejor las condiciones ambientales adversas. Esta revisión sistemática buscó
identificar las técnicas de mayor utilidad para determinar el grado de degradación del ADNmt, examinar
dicha degradación como posible indicador del intervalo postmortem en el ámbito forense, y reconocer
los marcadores genéticos del ADNmt con mejor desempeño en muestras forenses deterioradas. Para ello
se consultó la base de datos PubMed empleando términos MeSH y operadores booleanos, siguiendo el
modelo PRISMA (Page et al., 2021); de un total inicial de 353 registros se seleccionaron 12 artículos
publicados entre 2015 y 2025, cuya calidad metodológica fue evaluada con las listas de chequeo del
Joanna Briggs Institute (JBI, 2025). Los hallazgos mostraron que la secuenciación masiva paralela, tanto
en plataformas Illumina como Ion Torrent, constituyó la técnica de mayor rendimiento para analizar
ADNmt degradado, logrando recuperar entre 78 % y 100 % del mitogenoma a partir de amplicones de
35 a 200 pb. Las regiones hipervariables HVI y HVII, junto con SNPs mitocondriales, fueron los
marcadores más utilizados y con mejor desempeño. Si bien se observaron patrones de fragmentación
progresiva, no fue posible establecer una relación cuantitativa exacta entre el nivel de degradación del
ADNmt y el intervalo postmortem. En definitiva, el análisis del ADNmt sigue siendo un pilar esencial
de la genética forense para identificar personas cuando el ADN nuclear ya no puede recuperarse.
Palabras clave: técnicas moleculares, regiones hipervariables, identificación humana, degradación,
intervalo post mortem
1
Autor principal
Correspondencia: geovanna.paladinez@unl.edu.ec
pág. 5215
Mitochondrial DNA techniques and markers for the forensic identification
of degraded human samples
ABSTRACT
In forensic genetics, mitochondrial DNA (mtDNA) is key to identifying degraded human samples,
owing to its high copy number per cell, its circular shape and its greater capacity to withstand adverse
environmental conditions. This systematic review sought to identify the most useful techniques for
determining the degree of mtDNA degradation, to examine such degradation as a possible indicator of
the postmortem interval in forensic settings, and to recognize the mtDNA genetic markers with the best
performance in deteriorated forensic samples. To this end, the PubMed database was consulted using
MeSH terms and Boolean operators, following the PRISMA model (Page et al., 2021); from an initial
total of 353 records, 12 articles published between 2015 and 2025 were selected, and their
methodological quality was assessed with the Joanna Briggs Institute checklists (JBI, 2025). The
findings showed that massively parallel sequencing, on both Illumina and Ion Torrent platforms, was
the highest performing technique for analyzing degraded mtDNA, managing to recover between 78 %
and 100 % of the mitogenome from amplicons of 35 to 200 bp. The hypervariable regions HVI and
HVII, together with mitochondrial SNPs, were the most used markers and had the best performance.
Although progressive fragmentation patterns were observed, it was not possible to establish an exact
quantitative relationship between the level of mtDNA degradation and the postmortem interval.
Ultimately, mtDNA analysis remains an essential pillar of forensic genetics for identifying people when
nuclear DNA can no longer be recovered.
Keywords: molecular techniques, hypervariable regions, human identification, degradation, postmortem
interval
Artículo recibido 13 mayo 2026
Aceptado para publicación: 20 junio 2026
pág. 5216
INTRODUCCIÓN
El ADN mitocondrial (ADNmt) es un genoma circular, bicatenario y de herencia materna, presente en
varias copias por mitocondria. Su tamaño reducido y su abundancia favorecen la recuperación en restos
óseos, dientes, cabellos sin raíz y otras muestras en las que el ADN nuclear se encuentra escaso o
degradado (Court, 2021; Naue et al., 2024). Por ello, su análisis permite comparar una evidencia con
muestras de referencia para incluir o excluir un linaje materno, aunque no individualiza a personas que
comparten ese linaje (Amorim et al., 2019).
La región de control concentra las zonas hipervariables HVI, HVII y HVIII, de elevada variabilidad
interindividual y utilidad forense. También se analizan SNPs mitocondriales y, como marcadores
complementarios, STRs e INDELs; los fragmentos cortos ofrecen ventajas cuando el material está
deteriorado (Court, 2021; Pedroza Matute & Iyavoo, 2025).
La degradación depende de la temperatura, humedad, luz, actividad microbiana, autólisis y tipo de
tejido. A estas variables se suman dificultades analíticas como heteroplasmia, contaminación,
desaminación y secuencias nucleares mitocondriales, que pueden afectar la PCR, la secuenciación y la
interpretación (Thakar et al., 2019; Marshall & Parson, 2021). Persiste, además, la falta de consenso
sobre las técnicas y los marcadores más adecuados para valorar ADNmt degradado y su posible relación
con el intervalo postmortem (IPM).
En este contexto, la revisión respondió la pregunta: ¿qué técnicas y marcadores genéticos ofrecen mayor
utilidad para analizar ADNmt degradado en muestras forenses y en qué medida su deterioro puede
contribuir a estimar el IPM? Los objetivos fueron identificar las técnicas de mayor utilidad, examinar la
degradación como medida indirecta del tiempo transcurrido desde la muerte y reconocer los marcadores
con mejor desempeño en muestras deterioradas. El manuscrito deriva del Trabajo de Integración
Curricular de Paladinez Guaicha (2026), depositado en el Repositorio Digital Institucional de la
Universidad Nacional de Loja.
METODOLOGÍA
Tipo de estudio y criterios de elegibilidad
Se realizó una revisión sistemática estructurada con PICO. La población comprendió muestras humanas
de identificación forense; intervención y comparación no fueron aplicables, y los resultados fueron las
pág. 5217
técnicas y marcadores para ADNmt degradado y su posible utilidad en el IPM. Se incluyeron artículos
en inglés, de texto completo y acceso libre (2015–2025); se excluyeron literatura gris y estudios no
pertinentes.
Fuentes de información y estrategia de búsqueda
La búsqueda se efectuó en PubMed conforme a PRISMA 2020 (Page et al., 2021). Se combinaron con
AND y OR los términos MeSH «DNA mitochondrial», «molecular techniques», «DNA damage»,
«DNA fragmentation», «postmortem changes», «genetic markers», «forensic sciences» y «human
identification», agrupados en torno a ADNmt, técnicas, degradación, IPM y marcadores.
Figura 1. Diagrama de flujo PRISMA del proceso de selección de los estudios
Nota: elaboración propia siguiendo la declaración PRISMA 2020 (Page et al., 2021), a partir del proceso de cribado descrito
en Paladinez Guaicha (2026).
pág. 5218
Proceso de recopilación y extracción de datos
Se extrajeron autoría, año, país, muestra, objetivo, diseño, técnica, marcador y resultados. De los 12
artículos, diez fueron observacionales analíticos, uno fue un reporte de casos y uno una revisión
sistemática; las variables centrales fueron degradación, técnicas y marcadores de ADNmt.
Evaluación de la calidad
La calidad metodológica se evaluó con las listas del Joanna Briggs Institute según el diseño (JBI, 2025).
Se clasificó el riesgo de sesgo como bajo (>70 % de cumplimiento), moderado (50–69 %) o alto (<50
%): diez estudios mostraron riesgo bajo y dos, moderado. La revisión alcanzó 81,5 % de cumplimiento
de los 27 ítems PRISMA, correspondiente a riesgo bajo.
RESULTADOS Y DISCUSIÓN
Los 12 estudios incluidos permitieron comparar el desempeño de técnicas y marcadores en muestras de
distinta naturaleza y grado de conservación. La síntesis se organizó según los tres objetivos de la
revisión.
Técnicas con mayor utilidad para la determinación del ADNmt degradado
Ocho estudios evaluaron técnicas para ADNmt degradado (Tabla 1). La secuenciación masiva paralela
(MPS), en plataformas Illumina o Ion Torrent, presentó el mejor desempeño: con amplicones de 35 a
200 pb permitió recuperar entre 78 % y 100 % del mitogenoma, incluso en cabellos sin raíz, dientes,
tejidos antiguos y restos óseos. La qPCR y la PCR multiplex fueron útiles para cuantificar el ADNmt,
valorar su integridad y generar amplicones cortos antes de la secuenciación.
Illumina alcanzó recuperaciones de 98–100 %, e Ion Torrent mantuvo resultados favorables, aunque
menores en tejidos muy descompuestos. Las diferencias dependen de la muestra, cantidad inicial y
sesgos de amplificación o secuenciación. Oxford Nanopore recuperó el mitogenoma completo desde
fragmentos de 5–7 kb, pero requiere ADN relativamente íntegro y no puede extrapolarse a degradación
severa (De Bruin et al., 2025).
pág. 5219
Tabla 1. Técnicas más útiles en la determinación del ADNmt degradado
Autores
y año
Muestra (n)
Técnica
Recuperació
n de ADNmt
Rendimient
o
cuantitativo
Utilidad
forense
Canale et
al. (2022)
Cabello sin
raíz de 1 a 5
mm; 74
muestras de 60
donantes
(cabellos de 1
a 27 años)
PCR
multiplex;
MPS Illumina
≥ 98 % del
mitogenoma
110 copias de
ADNmt
resultaron
suficientes
Las 74
muestras
alcanzaron ≥
98 % del
mitogenoma
Xavier et
al. (2021)
Muestras
óseas; 48
extracciones
de hueso
qPCR; MPS
Ion Torrent
100 % de la
región control
No se reporta
MPS Ion
Torrent fue
eficaz en todas
las muestras
Senovska
et al.
(2021)
Dientes; 11
dientes
humanos
antiguos
qPCR; MPS
Illumina
98 %
No se reporta
Secuencias
válidas en 9 de
11 muestras
Eduardof
f et al.
(2017)
Cabello y
tejidos
sólidos; 17
muestras (2
cabellos y 15
tejidos
antiguos)
PCR
multiplex;
MPS Ion
Torrent
88,84 % en
cabellos; 78 %
en tejidos
No se reporta
Eficacia
demostrada en
muestras
antiguas
Ambers
et al.
(2016)
Restos óseos;
hueso femoral
de 140 años de
antigüedad
PCR
multiplex;
MPS
Illumina;
MPS Ion
Torrent
100 % de las
regiones HVI
y HVII
Illumina:
0,20 a 1 ng;
Ion Torrent:
0,58 a 1 ng
Recuperación
completa del
ADNmt en
restos óseos
antiguos
Davis et
al. (2015)
18 hisopados
bucales, 3
tejidos y 4
muestras de
hueso
qPCR; STS;
MPS Illumina
100 % de las
regiones HVI
y HVII
No se reporta
Recuperación
del 100 % de
HVI y HVII en
todas las
muestras
Lee et al.
(2025)
Tejido de
autopsias; 290
muestras, de
ellas 239
descompuesta
s
qPCR; MPS
Ion Torrent
> 90 % de la
secuencia
completa en
119 muestras
0,15 a 2 ng
Éxito del 49,6
% en muestras
descompuesta
s
De Bruin
et al.
(2025)
Sangre
humana; 6
muestras de
donantes de 19
a 53 años
Secuenciació
n ONT
100 % del
mitogenoma
No se reporta
Recuperación
completa en
ADN no
severamente
degradado
Nota: MPS: secuenciación masiva paralela; ONT: secuenciación con tecnología Oxford Nanopore; qPCR: PCR cuantitativa en
tiempo real; STS: secuenciación tradicional de Sanger. Fuente: elaboración propia a partir de la tabla de características de
Paladinez Guaicha (2026).
pág. 5220
El tipo de muestra condicionó el rendimiento. Huesos, dientes y cabellos sin raíz protegieron mejor el
ADNmt que tejidos blandos con rápida autólisis; en dientes, la dentina radicular favoreció la
conservación, y en cabello la queratinización y la corteza permitieron recuperar secuencias incluso
después de varios años (Canale et al., 2022; Higgins et al., 2015). En conjunto, MPS precedida de qPCR
o PCR multiplex ofrece la estrategia más consistente cuando el ADN está fragmentado.
La degradación del ADNmt como posible indicador del intervalo postmortem
Tres estudios examinaron la degradación como posible indicador del IPM (Tabla 2). Higgins et al.
(2015) observaron degradación exponencial y fragmentación progresiva en 150 terceros molares entre
0 y 16 meses. Van den Berge et al. (2016), en 81 muestras exhumadas con IPM de 4 a 42 años,
registraron 56 % de degradación moderada, 9 % severa y 22 % muy severa. Tozzo et al. (2021)
describieron daño progresivo mediante métodos moleculares y celulares. Ningún estudio estableció un
modelo cuantitativo válido para calcular el IPM.
La qPCR reconoce pérdida de integridad y fragmentación, pero tejido, autólisis y ambiente modifican
el ADN recuperado. Así, la degradación puede apoyar una estimación cualitativa, pero no sustituye los
indicadores físicos, celulares y ambientales del IPM (Zapico & Adserias-Garriga, 2022).
Tabla 2. Grado de degradación del ADNmt como posible estimador del intervalo postmortem en
contextos forenses
Autores y
año
Muestra
Técnica
Indicador de
degradación
Valor o métrica
reportada
IPM
analizado
Utilidad como
estimador del
IPM
Higgins et
al. (2015)
150 terceros
molares
qPCR
Degradación
exponencial y
fragmentación
No se reportan
datos
cuantitativos
0, 1, 2, 4,
8 y 16
meses
No se propone
un modelo
aplicable para
estimar el IPM
Van den
Berge et
al. (2016)
81 muestras
exhumadas
(pulmón,
hígado,
corazón,
cerebro,
músculo y
piel)
qPCR
Pérdida de
integridad del
ADNmt y
fragmentación
progresiva
Degradación
moderada (DI de
2,5 a 20): 56 %;
severa (DI > 20):
9 %; muy severa:
22 %
De 4 a 42
años
No se encontró
relación directa
entre el índice
de degradación
y el IPM
pág. 5221
Tozzo et
al. (2021)
Muestras
biológicas
humanas
RFLP;
citometría
de flujo;
SCGE; RT-
qPCR
Daño del
ADN y
fragmentación
Fragmentos
visibles; células
con ADN
degradado;
variación en la
longitud de la
cola
No se
reporta
Relación
cualitativa, no
exacta, con el
IPM
Nota: ADNmt: ADN mitocondrial; IPM: intervalo postmortem; qPCR o RT-qPCR: PCR cuantitativa en tiempo real; RFLP:
polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción; SCGE: electroforesis en gel de células individuales; DI: índice de
degradación. Fuente: elaboración propia a partir de la tabla de características de Paladinez Guaicha (2026).
Marcadores genéticos más apropiados en muestras forenses degradadas
Cuatro estudios evaluaron marcadores en muestras degradadas (Tabla 3). HVI y HVII alcanzaron 100
% de tipificación en hueso femoral antiguo y en otros tejidos; su pequeño tamaño, alta variabilidad y
abundancia favorecen la amplificación, aunque su herencia materna limita la individualización y puede
producir homoplasias. Los SNPs mitocondriales, también analizables en amplicones menores de 200 pb
o en el mitogenoma completo, aportaron capacidad discriminatoria adicional; Ambers et al. (2016)
recuperaron 102 de 102 SNPs.
Los STRs mostraron menor desempeño cuando el ADN estaba muy fragmentado porque suelen requerir
fragmentos más largos. Los INDELs pueden complementar el análisis por su tamaño reducido, pero su
naturaleza bialélica, los errores de alineamiento y la dependencia de la cobertura disminuyen su poder
discriminatorio si se emplean de forma aislada (De Bruin et al., 2025; Tozzo et al., 2021). Por tanto,
HVI, HVII y SNPs constituyen la combinación más apropiada para muestras degradadas.
Tabla 3. Marcadores genéticos presentes en el ADNmt más adecuados en muestras forenses degradadas
Autores y
año
Muestra
Técnica
Marcadores
genéticos
Regiones o
marcadores
analizados
Tamaño
de
fragmento
Muestras
tipificadas
Ambers et
al. (2016)
Restos óseos
(hueso
femoral)
qPCR; MPS
Illumina;
MPS Ion
Torrent
HVI y HVII;
SNPs; STRs
2 regiones; 102
de 102 SNPs; 27
de 29 STRs más
amelogenina
< 200 pb
100 %; 100
%; 93,1 %
Davis et
al. (2015)
18 hisopados
bucales, 3
tejidos y 4
huesos
(fémur)
MPS Illumina
HVI y HVII
2 regiones (4
amplicones)
< 260 pb
100 %
De Bruin
et al.
(2025)
Sangre
humana
Secuenciación
ONT
STRs;
SNPs;
INDELs
59 STRs más
amelogenina; 40
SNPs; 46
INDELs
No se
reporta
90 a 92 %; 98
%; 60,9 %
pág. 5222
Fattorini
et al.
(2023)
Muestras
óseas (rótula y
fémur)
PCR-CE;
PCR-MPS
HVI y HVII;
SNPs; STRs
2 regiones; 80 de
90 SNPs; 10 de
16 STRs
No se
reporta
No se
reportan
datos
Nota: HVI: región hipervariable I; HVII: región hipervariable II; INDELs: inserciones y deleciones; SNPs: polimorfismos de
un solo nucleótido; STRs: repeticiones cortas en tándem; qPCR: PCR cuantitativa en tiempo real; MPS: secuenciación masiva
paralela; ONT: secuenciación con tecnología Oxford Nanopore; PCR-CE: PCR con electroforesis capilar. Fuente: elaboración
propia a partir de la tabla de características de Paladinez Guaicha (2026).
Síntesis de hallazgos y limitaciones del estudio
En conjunto, el éxito del análisis depende de la interacción entre tipo y calidad de muestra, técnica
molecular y marcador. Hueso, diente y cabello sin raíz ofrecen mejores condiciones de conservación;
MPS, apoyada por qPCR o PCR multiplex, maximiza la recuperación; y HVI, HVII y SNPs concentran
el mejor desempeño. Persisten la falta de estandarización y la imposibilidad de estimar
cuantitativamente el IPM a partir de la degradación aislada.
La revisión se limitó a PubMed, artículos de acceso libre y un periodo de búsqueda de diez años, lo que
pudo excluir evidencia relevante. La heterogeneidad de muestras, técnicas y métricas impidió una
comparación cuantitativa conjunta; por ello, los resultados deben interpretarse como una síntesis
cualitativa de la evidencia disponible.
CONCLUSIONES
La MPS en plataformas Illumina e Ion Torrent fue la técnica de mayor utilidad para ADNmt degradado,
con recuperaciones de hasta 100 % del mitogenoma a partir de amplicones cortos; la qPCR y la PCR
multiplex aportaron cuantificación y evaluación previa de integridad. HVI, HVII y SNPs mitocondriales
mostraron el mejor desempeño en muestras antiguas o deterioradas. Aunque la fragmentación aumenta
de forma progresiva, su dependencia del tejido y del ambiente impide usarla como estimador
cuantitativo del IPM; debe interpretarse cualitativamente y junto con otros indicadores periciales. Se
requieren protocolos estandarizados y estudios que integren variables moleculares, biológicas y
ambientales.
pág. 5223
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